Картофите се обелват и нарязват на малки кубчета. Лукът и морковът се нарязват на ситно. В дълбок тиган се загрява олиото и зеленчуците се задушават няколко минути.
Добавя се каймата и се раздробява добре с помощта на дървена лъжица. След като промени цвета си, се добавят доматите, червеният пипер, чубрицата, черният пипер и солта.
В тава се поставят картофите и се заливат с приготвената смес. Добавя се водата и всичко се разбърква.
Пече се в предварително загрята фурна на 200°C около 50–60 минути, докато картофите омекнат и течността почти се изпари.
За заливката яйцата се разбиват с киселото мляко, брашното и малко сол. Сместа се излива равномерно върху мусаката.
Тавата се връща във фурната и се пече още 10–15 минути до получаване на златиста коричка.
